我国自然保护区事业是从新中国成立初期的1956年开始，在十分艰难的条件下，在中国科学院和原林业部共同倡导和推动下建立起来的。截至2015年底，林业系统已成立各级各类自然保护区2228处，总面积1.24亿公顷，占国土面积的12.95%，目前林业国家级自然保护区361处，林业建设和管理的自然保护区数量和面积均超过我国自然保护区的80%，构成了我国自然保护区的主体。
按职能分工，林业主管部门主要负责野生动植物、森林、湿地和荒漠生态系统类型的自然保护区的建设管理工作，有约3500多万公顷天然林和约2000万公顷天然湿地，90.5%的陆地生态系统类型、85%的野生动物种类、65%的高等植物群落在自然保护区内保护保存下来。自然保护区在数量、分布、类型、结构上基本满足了维护国家生态安全和保护生物多样性的需要，维护了中华民族永续发展的长远利益，满足了人民群众日益增长的精神文化需求，为建设山青水秀天蓝的美丽中国作出了重要贡献。
一、关于将现行《自然保护区条例》上升为《自然保护区法》、完善自然保护区管理体制和加大违法行为惩处力度的建议
目前我国的自然保护区建设管理存在着保护与发展矛盾突出、各类保护区域交叉重叠、管理体制机制有待理顺、投入机制不健全、生态补偿机制不完善等问题。党的十八届三中全会通过的《中共中央关于全面深化改革若干重大问题的决定》指出，建设生态文明，必须建立系统完整的生态文明制度体系；党的十八届四中全会要求用严格的法律制度保护生态环境。因此，需要进一步完善我国自然保护区法律制度，加强自然保护区规范管理，加大执法力度，提高违法成本，健全执法监督体系，使之适应当前自然保护区建设管理的客观需要。
党的十八届三中全会提出的建立国家公园体制，是针对我国自然保护区领域存在的保护地分类不科学、保护标准不清晰、公益属性不明确、多头交叉管理、部门权责不落实、保护与开发矛盾难以协调等问题给出的改革路线，是一项全方位的、综合性的、涉及多方面利益的创新改革措施。目前，国务院正组织有关部门就我国国家公园制度的具体内涵、管理要求和管理制度展开研究论证。鉴于目前我国自然保护区管理体系、体制机制都正处于调整、改革、完善过程之中，建议待有关改革方案确定后统筹考虑自然保护区的立法问题。
二、关于完善自然保护区资金投入机制的建议
中央财政非常重视支持林业自然保护区管理建设工作，通过有关政策和资金予以积极支持。一是安排林业补助资金国家级自然保护区补贴支出。2011—2015年，中央财政共安排15.9亿元（其中2015年3.4亿元），用于支持林业国家级自然保护区自然资源本底调查、社会经济情况和野外专项调查，以及珍稀濒危野生动植物保护与救护等工作。二是安排林业补助资金湿地与恢复支出。2011—2015年，中央财政共安排18.3亿元（其中2015年6.7亿元），用于湿地自然保护区购置监测监控设施维护和设备、恢复退化湿地等，促进生物多样性保护。三是通过我局部门预算安排珍稀濒危物种调查监管、野生动物疫病监测和预警系统维护、珍稀濒危物种野外救护与繁育、重点野生动植物资源调查等项目支出，支持开展相关野生动植物保护工作。《中华人民共和国自然保护区条例》明确规定：“管理自然保护区所需经费，由自然保护区所在地的县级以上地方人民政府安排，国家对国家级自然保护区的管理，给予适当的资金补助”。《国务院办公厅关于做好自然保护区管理有关工作的通知》（国办发〔2010〕63号）明确要求：“国家级自然保护区管护基础设施的建设投资由国家发展改革委在现有投资渠道中统筹安排，能力建设投资由财政部以专项资金形式给予补助，日常管理经费纳入其所在地省级财政预算。地方级自然保护区的建设和管理经费参照国家级自然保护区予以保障”。因此，在中央财政加大对自然保护区建设管理和野生动植物保护支持力度的同时，地方政府也应按照相关法律法规和国务院文件要求，落实自然保护区日常管理经费和野生动植物保护经费。
三、关于建立自然保护区生态效益补偿制度的建议
2016年4月26日，国务院办公厅印发的《关于健全生态保护补偿机制的意见》（国办发〔2016〕31号）提出了要完善重点生态区域补偿机制，健全国家级自然保护区、世界文化自然遗产、国家级风景名胜区、国家森林公园和国家地质公园等各类禁止开发区域的生态保护补偿政策。今后，随着国家财力的增长和相关制度的完善，森林生态效益补偿的投入力度将进一步加大，国家级自然保护区的生态保护补偿政策将进一步健全，自然保护区林地权属管理会进一步完善，从而实现自然保护区的有效保护。
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