近年来，中央财政高度重视生态补偿机制建设，按照党中央、国务院加快生态文明制度建设、建设美丽中国的要求，中央财政通过安排一般性和专项转移支付的方式，初步建立了多方位、多层次的生态补偿机制，在一定程度上承担和弥补了地方政府在生态保护和环境治理方面增加的支出成本。其中，2008年开始实施的国家重点生态功能区财政转移支付，是一般性转移支付中支持地方保护生态环境的重要组成部分，中央财政在不断加大投入的同时，还会同相关部门共同建立了生态环境保护绩效考核机制，激励并约束地方在争取和使用资金时，将着力点真正放在环境保护上。中央对地方均衡性转移支付测算还具有内在的“自动补偿”机制，标准收入主要根据税基和税率测算，标准支出根据人口、面积和各地成本差异等客观因素测算。地方政府因治理环境、减少污染、控制排放等削减工业项目以及生态环境工程建设等形成的财政减收增支，在其他条件不变的情况下，标准收支缺口自动放大，中央财政对均衡性转移支付规模也将相应增加，形成对这些地区转型发展成本的自动补偿。
中央财政还通过专项转移支付的方式不断加大对森林、草原、大江大河等环境保护的补助力度，在一定程度上承担了生态保护和恢复的成本。例如，2016年，国家在西藏自治区等省区启动新一轮草原生态保护补助奖励政策，进一步加大资金支持力度，适当提高补奖标准，并安排绩效评价奖励资金，支持各牧区半牧区发展现代草原畜牧业、保护生态环境。新一轮草原补奖政策实施禁牧补助和草畜平衡奖励，对生存环境恶劣、退化严重、不宜放牧以及位于大江大河水源涵养区的草原实行禁牧封育，中央财政补助标准由原来每年6元/亩提高到每年7.5元/亩；对禁牧区域以外的草原根据承载能力核定合理载畜量，实施草畜平衡管理，中央财政补助标准由原来每年1.5元/亩提高到每年2.5元/亩。西藏自治区可以根据农牧民承包草原面积、草原类型等级、家庭人口数量、收入构成和本地经济发展情况等，在中央财政安排的资金额度内，因地制宜制定禁牧补助和草畜平衡奖励的具体发放标准。又如，中央财政通过林业改革发展资金，对林业系统管理的国家级自然保护区的生态保护、修复与治理，特种救护、保护设施设备购置和维护，专项调查和监测，宣传教育，以及保护管理机构聘用临时管护人员所需的劳务等支出进行补助。资金采取因素法分配，切块下达到省级，西藏自治区在确保完成中央下达的约束性指标前提下，可根据工作实际，结合地方财力，按有关规定统筹使用资金，用于支持自然保护区建设相关工作。
2016年4月26日，国务院办公厅印发了《关于健全生态保护补偿机制的意见》（国办发〔2016〕31号）提出：完善重点生态区域补偿机制。健全国家级自然保护区、世界文化自然遗产、国家级风景名胜区、国家森林公园和国家地质公园等各类禁止开发区域的生态保护补偿政策。将青藏高原等重要生态屏障作为开展生态保护补偿的重点区域。因此，在今后的生态补偿试点工作中我局将积极考虑将羌塘国家级自然保护区作为生态效益补偿试点地区。同时，随着国家财力的增长和相关制度的完善，国家对生态效益补偿的投入力度将进一步加大，国家级自然保护区的生态保护补偿政策将进一步健全。中央财政也将继续加大对西藏自治区的转移支付力度，支持西藏自治区做好生态环境保护相关工作。
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