巴丹吉林地处阿拉善高原温带半荒漠生态地理区，主要生态系统类型为温带荒漠生态系统及荒漠绿洲森林生态系统。沙漠景观、戈壁景观、峡谷景观和风蚀地貌景观等区域景观类型多样，其中额济纳胡杨林是世界三大胡杨林区之一，也是内蒙古西部荒漠唯一的乔木林区，景观美学价值极高。此外，巴丹吉林区域拥有丰富灿烂的历史文化，是蒙古族游牧文化的摇篮。
建立国家公园体制是党的十八届三中全会提出的重点改革任务，是我国生态文明制度建设的重要内容。2017年9月，中共中央办公厅、国务院办公厅联合印发《建立国家公园体制总体方案》，明确提出了建立国家公园体制的指导思想、基本原则、发展目标和具体要求；明确定位国家公园是我国自然保护地最重要类型之一，属于全国主体功能区规划中的禁止开发区域，纳入全国生态保护红线区域管控范围，实行最严格的保护；要求科学制定国家公园设立标准，开展国家公园空间布局，根据自然生态系统代表性、面积适宜性和管理可行性，明确国家公园准入条件，确保自然生态系统和自然遗产具有国家代表性、典型性，确保面积可以维持生态系统结构、过程、功能的完整性，确保全民所有的自然资源资产占主体地位，管理上具有可行性。
2018年5月，根据《深化党和国家机构改革方案》，国家发展改革委将国家公园体制试点相关职能整体移交我局，我局在已有工作的基础上，与相关试点省建立协调联系工作机制，全方位推进深化体制机制改革、加大自然资源保护力度、增加社区协调参与等试点工作。为贯彻落实中央精神，我局正在抓紧组织制定《国家公园设立标准》和《国家公园空间布局方案》，研究编制《国家公园总体发展规划》，其中已统筹考虑在沙漠、荒漠等生态系统设立若干国家公园，确保该生态系统类型能够建立具有代表性的国家公园。下一步，待国家公园相关顶层设计明确后，我局将按照生态系统类型、面积适宜性和管理可行性等多种因素，统一遴选标准，统筹布局国家公园，对符合设立标准的候选区，按照成熟一个设立一个的原则，稳步推进建立国家公园体制各项工作。
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