《自然资源行政处罚办法》（以下简称《办法》）其他的修改变化，主要是完善相关条文规定内容、统一规范相关用语表述、强调上位法律法规的规定等。
部分条款内容作了小范围改动
一是《办法》第七条“部级管辖”的规定中，将“国务院要求自然资源部管辖的自然资源违法案件”修改为“党中央、国务院要求自然资源部管辖的自然资源违法案件”，完善了部级管辖的全国范围内重大、复杂的自然资源违法案件范围的具体表述。
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第七条 自然资源部管辖全国范围内重大、复杂和法律法规规定应当由其管辖的自然资源违法案件。
前款规定的全国范围内重大、复杂的自然资源违法案件，是指：
（一）党中央、国务院要求自然资源部管辖的自然资源违法案件；
（二）跨省级行政区域的自然资源违法案件；
（三）自然资源部认为应当由其管辖的其他自然资源违法案件。
二是《办法》第九条“级别管辖”情形的规定中，在原《办法》“（二）案情复杂，情节恶劣，有重大影响”的基础上，增加了“需要由上级自然资源主管部门管辖”的新条件，进一步完善了上级自然资源主管部门有权管辖下级自然资源主管部门管辖案件的具体情形。
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第九条 有下列情形之一的，上级自然资源主管部门有权管辖下级自然资源主管部门管辖的案件：
（一）下级自然资源主管部门应当立案而不予立案的；
（二）案情复杂，情节恶劣，有重大影响，需要由上级自然资源主管部门管辖的。
上级自然资源主管部门可以将本级管辖的案件交由下级自然资源主管部门管辖，但是法律法规规定应当由其管辖的除外。
三是《办法》第二十二条“证人证言”的规定中，新增了“（二）有与案件相关的事实”这一新要求，完善了证人证言的取证要求，进一步强调了证人证言必须是有与案件相关的事实。
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第二十二条 证人证言应当符合下列要求：
（一）注明证人的姓名、年龄、性别、职业、住址、联系方式等基本情况；
（二）有与案件相关的事实；
（三）有证人的签名，不能签名的，应当按手印或者盖章；
（四）注明出具日期；
（五）附有居民身份证复印件等证明证人身份的文件。
四是《办法》第三十条“案件审理”的规定中，增加了“（一）是否符合立案条件；（二）违法主体是否认定准确”这两项新的审理内容和“（八）其他需要审理的内容和事项”这一兜底规定，进一步完善了案件审理范围和内容的要求。
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第三十条 自然资源主管部门在审理案件调查报告时，应当就下列事项进行审理：
（一）是否符合立案条件；
（二）违法主体是否认定准确；
（三）事实是否清楚、证据是否确凿；
（四）定性是否准确；
（五）适用法律是否正确；
（六）程序是否合法；
（七）拟定的处理意见是否适当；
（八）其他需要审理的内容和事项。
经审理发现调查报告存在问题的，可以要求调查人员重新调查或者补充调查。
五是《办法》第三十五条“行政处罚决定书”的规定中，新增了行政处罚决定书必须“加盖作出处罚决定的自然资源主管部门的印章”的要求，进一步强调了案件查处必须符合主体资格的形式要求。
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第三十五条 当事人未在规定时间内陈述、申辩或者要求听证的，以及陈述、申辩或者听证中提出的事实、理由或者证据不成立的，自然资源主管部门应当依法制作行政处罚决定书，并按照法律规定的方式，送达当事人。
行政处罚决定书中应当记载行政处罚告知、当事人陈述、申辩或者听证的情况，并加盖作出处罚决定的自然资源主管部门的印章。
行政处罚决定书一经送达，即发生法律效力。当事人对行政处罚决定不服申请行政复议或者提起行政诉讼的，行政处罚不停止执行，法律另有规定的除外。
注意事项：结合第二条“适用范围”的规定，综合行政执法部门、乡镇人民政府、街道办事处等依法明确具有案件查处主体资格的行政机关，作出行政处罚决定书时应当加盖相应作出处罚决定行政机关的印章，不再加盖自然资源主管部门的印章。
文字用语和标点符号进行统一规范修改
一是《办法》第二十一条“证据要求”的规定中将“计算机数据”修改为“电子数据”。
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第二十一条 调查人员应当收集、调取与案件有关的书证、物证、视听资料、电子数据的原件、原物、原始载体；收集、调取原件、原物、原始载体确有困难的，可以收集、调取复印件、复制件、节录本、照片、录像等。声音资料应当附有该声音内容的文字记录。
二是《办法》第五十七条统一规范解释了“日期单位”的使用，前文相关条款中的“工作日”修改为“日”，工作日的原意思没发生改变，避免了在适用过程中发生混淆。
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第五十七条 本办法中“三日”“五日”“七日”“十日”指工作日，不含法定节假日。
三是《办法》全文相关条款中“自然人”统一修改为“公民”，按照立法规范统一了相关用语表述。
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第一条 为规范自然资源行政处罚的实施，保障和监督自然资源主管部门依法履行职责，保护公民、法人或者其他组织的合法权益，根据《中华人民共和国行政处罚法》以及《中华人民共和国土地管理法》《中华人民共和国城市房地产管理法》《中华人民共和国矿产资源法》《中华人民共和国测绘法》《中华人民共和国城乡规划法》等自然资源管理法律法规，制定本办法。
四是《办法》全文相关条款中“政纪责任”统一修改为“政务责任”，与《中华人民共和国监察法》《中华人民共和国公职人员政务处分法》等法律法规规定表述保持一致。
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第二十九条 案件调查终结，案件承办人员应当提交调查报告。调查报告应当包括当事人的基本情况、违法事实以及法律依据、相关证据、违法性质、违法情节、违法后果，并提出依法是否应当给予行政处罚以及给予何种行政处罚的处理意见。
涉及需要追究党纪、政务或者刑事责任的，应当提出移送有权机关的建议。
五是《办法》全文相关条款中删除了“行政处罚告知书、行政处罚决定书、强制执行申请书”等相关文书名称的书名号，进一步规范了部门规章的修改。
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第四十六条 符合下列条件之一的，经自然资源主管部门负责人批准，案件结案：
（一）案件已经移送管辖的；
（二）终止调查的；
（三）决定不予行政处罚的；
（四）执行完毕的；
（五）终结执行的；
（六）已经依法申请人民法院或者人民政府强制执行；
（七）其他应当结案的情形。
涉及需要移送有关部门追究党纪、政务或者刑事责任的，应当在结案前移送。
部分条款顺序重新规范调整
一是《办法》第七条“部级管辖”和第八条“省级和市级管辖范围”的内容，是由原《办法》对应第六条和第七条位置互换而来的，条款顺序的改变突出了自下而上、层级管辖的案件管辖的制度设计。
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第七条 自然资源部管辖全国范围内重大、复杂和法律法规规定应当由其管辖的自然资源违法案件。
前款规定的全国范围内重大、复杂的自然资源违法案件，是指：
（一）党中央、国务院要求自然资源部管辖的自然资源违法案件；
（二）跨省级行政区域的自然资源违法案件；
（三）自然资源部认为应当由其管辖的其他自然资源违法案件。
第八条 省级、市级自然资源主管部门管辖本行政区域内重大、复杂的，涉及下一级人民政府的和法律法规规定应当由其管辖的自然资源违法案件。
二是《办法》第四十九条“挂牌督办”和第五十条“公开通报”的内容，是由原《办法》对应第四十条和第四十一条位置互换而来的，条款顺序的改变是按照《自然资源部办公厅关于印发〈自然资源部挂牌督办和公开通报违法违规案件办法〉的通知》（自然资办发〔2020〕33号）的内容作出的合理顺序调整，凸显挂牌督办和公开通报制度的地位。
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第四十九条 自然资源主管部门应当建立重大违法案件挂牌督办制度。
省级以上自然资源主管部门可以对符合下列情形之一的违法案件挂牌督办，公开督促下级自然资源主管部门限期办理，向社会公开处理结果，接受社会监督：
（一）违反城乡规划和用途管制，违法突破耕地和永久基本农田、生态保护红线、城镇开发边界三条控制线，造成严重后果的；
（二）违法占用耕地，特别是占用永久基本农田面积较大、造成种植条件严重毁坏的；
（三）违法批准征占土地、违法批准建设、违法批准勘查开采矿产资源，造成严重后果的；
（四）严重违反国家土地供应政策、土地市场政策，以及严重违法开发利用土地的；
（五）违法勘查开采矿产资源，情节严重或者造成生态环境严重损害的；
（六）严重违反测绘地理信息管理法律法规的；
（七）隐瞒不报、压案不查、久查不决、屡查屡犯，造成恶劣社会影响的；
（八）需要挂牌督办的其他情形。
第五十条 自然资源主管部门应当建立重大违法案件公开通报制度，将案情和处理结果向社会公开通报并接受社会监督。
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